Определение РНК коронавируса (SARS-Cov) в мазках со слизистых оболочек носоглотки и ротоглотки методом ПЦР

Кошурин Дмитрий Валерьевич
Кошурин Дмитрий Валерьевич Врач КДЛ, Главный врач,

Анализ мазка на коронавирус методом ПЦР

Анализ мазка на коронавирусИсследование мазков со слизистых оболочек носоглотки и ротоглотки, выполненное с помощью современного лабораторного метода ОТ-ПЦР (полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией), который позволяет определить наличие фрагментов РНК (генетического материала) коронавируса SARS-Cov, проводится для диагностирования COVID-19 и клинического разграничения респираторных заболеваний.

Коронавирус SARS-Cov относится к обширному семейству РНК-содержащих Coronaviridae, которые характеризуются наличием на поверхности шипов в виде короны. Распространение инфекционного возбудителя происходит контактным и аэрозольным способами – при рукопожатиях, прикосновениях к загрязненным поверхностям, вдыхании зараженных частичек воздуха и пыли. Продолжительность инкубационного периода – 2 недели, однако все это время инфицированный человек является высоко-контагиозным. Новый штамм коронавируса вызывает развитие пневмонии, протекающей в тяжелой форме, и респираторного дистресс-синдрома. Группу риска составляют пожилые люди, дети, пациенты с иммуно-дефицитными состояниями и хроническими патологиями. Коронавирусная инфекция сопровождается повышением температуры тела, сильным кашлем, ощущением сдавленности грудины, затрудненным дыханием, в некоторых случаях – тошнотой, рвотой и диареей.

Штамм SARS-C0V-2 коронавируса является разновидностью новой инфекции COVID-19, которая вызывает серьёзные усугубления в виде вирусного поражения лёгких и патологической дыхательной недостаточности. Заболевание распространяется воздушно-капельным путём, вследствие прямого контактирования инфицированных и здоровых людей, капельно через воздух при нахождении людей на расстоянии менее полутора метров. Заразиться можно и при рукопожатии, употреблении зараженных вирусом продуктов, использовании в быту общих с человеком, являющимся переносчиком инфекции, вещей, контаминированные вирусом предметы.

Обычно процесс инфицирования возникает сразу после попадания возбудителя в клетки эпителия, покрывающие слизистые катара дыхательных путей. По итогу в инфицированных клетках происходит усиленное размножение вируса – многочисленное увеличение количества копий патогенных частиц. Отсоединившиеся и вышедшие из зараженных клеток только что образованные инфекционные агенты инфицируют значительное число потенциально здоровых клеток верхних, нижних отделов дыхательных путей. Иногда встречается инфицирование альвеолоцитов 2-го типа, которое идентифицирует факт пневмонии.

Любой человек, зараженный коронавирусом (в т. ч. бессимптомные пациенты), считается распространителем инфекции с момента попадания в организм вирусного патогена, поскольку он способен выделять частички вируса во внешнюю среду при дыхании, а также с момент чихания, кашля, разговора. Распространение инфекции продолжается на протяжении 3 недель, а в некоторых случаях дольше 28 дней. У пациентов со скрытым или лёгким течением болезни возможно развитие острой формы атипичной пневмонии на фоне поражения лёгких.

Дифференциальная диагностика COVID-19 основана на молекулярно-биологических исследованиях, позволяющих обнаружить в организме пациента геном вируса.

Медицинская значимость анализа SARS-C0V-2

Кашель при SARS-C0V-2Анализ предназначен для выявления генетического материала SARS-CoV-2 в пробе исследуемого биоматериала у больных и здоровых бессимптомных людей, у которых отсутствуют слабость, температура, сдавленность в грудине, кашель, мышечные боли, одышка. Необходимым условием для прохождения теста является отсутствие на протяжении 2 недель прямых контактов с инфицированными COVID-19.

На протяжении многих лет ПЦР-тест применяется докторами в практике повседневных исследований при необходимости проведения диагностики различных вирусных заболеваний верхних дыхательных путей (в частности гриппа).

С учётом одобрения рекомендаций врачами клинической практики, ВОЗ и иными международными организациями процедура обнаружения частиц РНК возбудителя коронавируса в анализируемом биоматериале, взятом из ротоглотки / носоглотки, и последующая его ПЦР-диагностика в режиме реального времени являются «Золотым стандартом» идентификации SARS-CoV-2 разновидности.

Показания для назначения анализа

Проведение ПЦР анализа мазков со слизистых покровов носо- и ротоглотки необходимо при:

1. Профилактическом обследовании – для выявления бессимптомного вирусо-носительства у:

  • условно здорового населения;
  • людей, прибывших из стран дальнего и ближнего зарубежья;
  • лиц, контактировавших с лабораторно-подтвержденными больными коронавирусной инфекцией либо вернувшимися из зарубежной поездки.

2. Наличии у пациента клинической симптоматики инфекционно-воспалительного процесса в респираторных путях.

3. Атипичном течении пневмонии.

Кому назначается анализ?

Исследование рекомендовано пациентам при подозрении у них COVID-19, взрослым и детям с выраженными симптомами заболевания, контактным лицам с целью подтверждения / исключения инфицирования, а также лицам, которым показана дифференциальная диагностика коронавируса, ОРВИ, различных вирусных инфекций на фоне сопутствующих заболеваний.

Также обследование могут проходить: 

  1. Туристы, прибывшие из неблагополучных по эпидситуации COVID-19 стран.
  2. Население с целью скрининга скрытой формы болезни.
  3. Лица, находящиеся в группе риска из-за необходимости постоянного контакта с условно зараженными людьми.
  4. Пациенты, у которых ранее официально было подтверждено инфицирование для мониторинга выздоровления.
  5. Люди, которые вернулись из стран, где в данный момент существует высокий риск распространения COVID-19.

Здоровым людям (бессимптомным пациентам) ПЦР-исследование проводится:

  • с целью получения отрицательного результата перед выездом за пределы своей страны;
  • накануне проведения плановых оперативных вмешательств;
  • после возврата домой из заграницы, чтобы предотвратить 14-дневную самоизоляцию.

Правила подготовки к анализу

Мазок на коронавирусВзятие образцов биологического материала – мазков из носо- и ротоглотки осуществляют в условиях клинико-диагностического центра (с соблюдением всех необходимых требований асептики и антисептики) в утреннее время.

Накануне процедуры пациенту следует исключить:

  • распитие спиртных напитков;
  • употребление пищи;
  • использование жевательной резинки и пастилок для освежения дыхания;
  • применение лекарственных средств для орошения зева;
  • чистку зубов;
  • полоскание горла;
  • курение.

Срок выполнения ПЦР анализа на коронавирус

В нашей лаборатории в связи с высокой загруженностью сроки выполнения анализа могут быть увеличены. Но, в любом случае, они не превышают 4 дней. 

Обратите внимание: 

ПЦР-анализ на коронавирус CITO! (срочно!) не выполняется.

Расшифровка анализа мазка на SARS-Cov

Показатель нормы: «В исследуемых образцах фрагментов генетического материала, специфичных SARS-Cov не обнаружено». Этот результат анализа мазка – отрицательный, который опровергает инфицирование новым штаммом коронавируса

Положительный результат анализа свидетельствует об активной фазе коронавирусной инфекции.

Особенности расшифровки результатов тестирования на SARS-CoV-2

Применяемый в ходе исследования Ct-показатель обозначается производителем тест-системы для каждой отдельной лаборатории на основании результатов диагностики.

Выявление вируса с помощью ПЦР происходит в реальном времени в специфических условиях. В ходе анализа применяется реактив ThermoFisher TaqPach COVID-19 CE-IVD RT-PCR. Данный химический компонент способствует обнаружению S, N, ORF1ab генов возбудителя. С учётом обозначенных производителем рекомендаций и правил, подтверждённым считается результат теста, когда установлено присутствие в образце биоматериала минимум 2-х разновидностей генов. Кроме Ct-значения, в момент анализа результата принимаются во внимание критерий RFU (показатель относительной флуоресценции), а также рост кривой на амплификационном графике.

Специфика диагностики

SARS-C0V-2На достоверность результатов анализа оказывает влияние биоматериал. Он должен быть качественным, отобранным с соблюдением всех правил и рекомендаций, выдвигаемых к образцам мазков из носо- и ротоглотки.

В целях безопасности сдачу мазков следует осуществлять в помещениях, где есть отдельный вход.

По готовности результаты диагностики становятся доступны в Персональном кабинете. Также они дублируются на e-mail, обозначенный в момент оформления в диагностическом центре заказа. По желанию результаты исследования можно затребовать в бумажном виде и забрать их в удобное время самостоятельно из лаборатории, в которой сдавался мазок.

При необходимости результаты теста могут быть выданы на английском языке. Об этом следует заблаговременно уведомить сотрудника лабораторного центра, где проводится анализ. Бланк таких результатов обязательно содержит QR-код.

Готовые результаты анализа в обязательном порядке передаются в СЭС. Это происходит автоматически. При наличии отрицательного результата пациент освобождается от дальнейшей самоизоляции.

В случае получения положительного теста рекомендуется соблюдать карантинные меры. Больным людям следует воздержаться от визитов в медицинские учреждения, общественные места, торговые центры, частные, государственные, коммунальные заведения.

Положительный тест свидетельствует о наличии в дыхательных путях пациента вируса и о том, что человек является переносчиком инфекции среди окружающих его людей.

Как отличить здоровых людей от больных с помощью ПЦР-диагностики?

С помощью ПЦР-анализа удаётся обнаружить лишь генетический материал возбудителя, и никак не его склонность к инфицированию. Установить присутствие в образце биоматериала жизнеспособного SARS-CoV-2 целесообразно лишь в момент размножения вируса в специфической среде клеток. Для использования в качестве стандартного исследования данный метод не годится из-за сильно дорогой стоимости и длительных сроков ожидания результатов (иногда заключение анализа приходится ожидать более недели).

С помощью анализа ПЦР на наличие РНК SARS-CoV-2 невозможно узнать точное число копий возбудителя, находящееся в данный момент в организме человека, но факт наличия патогена в мазке, взятом у человека в качестве диагностического образца, подлежит косвенной оценке с использованием Ct-значения.

Анализ коронавируса с помощью метода ПЦР способствует выявлению РНК возбудителя SARS-CoV-2 и тогда, когда его содержание в организме минимально.